К медицинским отходам категории Б относят опасные и инфицированные отходы. Инструменты и материалы с остатками выделений больных, в том числе и крови. Все отходы, в том числе и пищевые, отделений, работающих с инфицированными пациентами. Органические операционные и патологоанатомические  отходы, такие как ткани, органы и тому подобное. Отходы из микробиологических исследовательских лабораторий, которые используют в работе микроорганизмы, относящиеся к 3-4 группам патогенности, а также биологические отходы вивариев.  Сбор таких отходов производится только в одноразовую тару, а вывоз и уничтожение должны производится только организациями, которые имеют лицензию на этот вид деятельности.

Отходы категории Б необходимо собирать в мягкую или твердую непрокалываемую упаковку (пакеты и контейнеры), которая имеет желтый цвет или желтую маркировку. Для острых отходов этого класса используют одноразовые непрокалываемые емкости, устойчивые к влаге. Емкости для сбора должны плотно закрываться крышкой и исключать возможность самопроизвольного открытия.

Для сбора жидких и органических отходов категории Б необходимо использовать влагостойкую и непрокалываемую тару с крышкой, которая обеспечит полную герметизацию и исключит возможность самопроизвольного открытия.

Мягкая одноразовая тара для сбора медицинских отходов категории Б должна закрепляться на специальных контейнерах или стойках-тележках.

Пакеты должны заполняться не более чем на ¾. После заполнения ответственный сотрудник должен завязить или закрыть пакет при помощи бирок-стяжек или других специальных приспособлений, которые исключат высыпание отходов.  Контейнеры закрываются герметичными крышками. Перемещение за пределами подразделения открытых емкостей с медицинскими отходами категории Б запрещено.

При удалении из подразделения и окончательной упаковке одноразовая тара с отходами категории Б маркируется надписью «Отходы. Категория Б» и записью о наименовании учреждения и подразделения, а также датой и фамилией ответственного за сбор лица.

Медицинские отходы категории Б в закрытой таре сначала помещают в специальные контейнеры, а затем перемещают в помещение для временного хранения или на специальных участок по обращению с медицинскими отходами. Оттуда эти отходы вывозятся специализированными организациями, которые имеют лицензию на этот вид деятельности, для последующего обезвреживания и обеззараживания. В помещения для временного хранения медотходов и на участок обращения с отходами доступ посторонних лиц должен быть воспрещен.

Ткани, органы и другие органические операционные и патологоанатомические отходы подлежат сжиганию либо захоронению на кладбищах в специальных могилах на отведенном для этого участке согласно требованиям законодательства. Обеззараживать такие отходы не нужно.